Gee-logit model corrected biplots with harvest effects on coffee beans grading

In a granulometric analysis of coffee beans with different categories of defects, the data can be organized in contingency tables, and when considering the discrimination by harvest, they may have a structure that suggest a more complex model, by means of the counting of defective coffee beans compared to different crops interacting with the classification of defects and percentages of sieve grains, which characterizes a block design with multivariate responses. However, due to the techniques based on the analysis of variance, considering the uniform correlation structure for all plots, it becomes feasible to propose a model that allows contemplating different structures between the plots, associating the effects of the crops to the defects in the granulometric procedure applied to the coffee beans. Thus, the hypothesis of incorporating the effects of crops associated with defects arises using the biplot multivariate technique. This work aims to propose the use of corrected biplots by predictions obtained trhough the fit to the Generalized Linear Model in the coffee grain size classification, broken down by components of the effect of the harvests. In conclusion, the use of GEE models with the corrected biplot technique by the predictions is feasible for application to be applied to the granulometric analysis of defective coffee beans, presenting discrimination regarding the effects of harvests.

Leaf count overdispersion in coffee seedlings / Superdispersão relacionado a contagem de folhas em mudas de cafeeiro

ABSTRACT: Coffee crops play an important role in Brazilian agriculture, with a high level of social and economic participation resulting from the jobs created in the supply chain and from the income obtained by producers and the revenue generated for the country from coffee bean export. In coffee plant growth, leaves have a determinant role in higher production; therefore, the leaf count per plant provides relevant information to producers for adequate crop management, such as foliar fertilizer applications. To describe count data, the Poisson model is the most commonly employed model; when count data show overdispersion, the negative binomial model has been determined to be more adequate. The objective of this study was to compare the fitness of the Poisson and negative binomial models to data on the leaf count per plant in coffee seedlings. Data were collected from an experiment with a randomized block design with 30 treatments and three replicates and four plants per plot. Data from only one treatment, in which the number of leaves was counted over time, were employed. The first count was conducted on 8 April 2016, and the other counts were performed 18, 32, 47, 62, 76, 95, 116, 133, and 153 days after the first evaluation, for a total of ten measurements. The fitness of the models was assessed based on deviance values and simulated envelopes for residuals. Results of fitness assessment indicated that the Poisson model was inadequate for describing the data due to overdispersion. The negative binomial model adequately fitted the observations and was indicated to describe the number of leaves of coffee plants. Based on the negative binomial model, the expected relative increase in the number of leaves was 0.9768% per day.

RESUMO: A cultura do café desempenha papel relevante na agricultura do Brasil, com expressiva participação social e econômica tanto pelos empregos gerados na cadeia produtiva, bem como pela renda obtida pelos produtores e pelas divisas geradas para o país na exportação do grão. No crescimento das plantas de café, as folhas desempenham papel decisivo para que tenha maior produção, portanto a contagem do número de folhas por planta fornece informações importantes aos produtores para o manejo adequado da cultura como, por exemplo, a aplicação de adubações foliares. Em geral, na descrição de dados obtidos por contagem, o modelo mais utilizado é o Poisson, sendo que quando os dados apresentam superdispersão, o modelo Binomial Negativo tem se mostrado mais adequado. O objetivo deste trabalho foi comparar o ajuste dos modelos de Poisson e Binomial Negativo em dados de contagens do número de folhas por planta em mudas do cafeeiro. Os dados foram obtidos de um experimento usando o delineamento em blocos casualizados com trinta tratamentos e três repetições com quatro plantas por parcela. Foram utilizados os dados de apenas um tratamento no qual foi feita a contagem do número de folhas ao longo do tempo. A primeira avaliação foi feita em 8 de abril de 2016 e as demais aos 18, 32, 47, 62, 76, 95, 116, 133 e 153 dias após a primeira avaliação, totalizando dez medidas. A adequação dos mesmos foi verificada com base nos valores da Deviance e no envelope simulado para os resíduos. Os resultados do ajuste indicaram que o modelo Poisson foi inadequado para descrição dos dados devido a superdispersão. O modelo Binomial Negativo se ajustou adequadamente e foi indicado para descrever o número de folhas das plantas do cafeeiro. Com base no modelo Binomial Negativo o aumento relativo esperado para o número de folhas foi de 0,9768% para cada dia.

Modelagem hierárquica Bayesiana na avaliação de curvas de crescimento de suínos genotipados para o gene halotano / Hierarchical Bayesian modeling for the evaluation of growth curves of pigs genotyped for the halothane gene

Para avaliar a influência do gene halotano sobre a curva de crescimento de suínos, bem como sua interação com o sexo do animal, foi proposta uma modelagem hierárquica Bayesiana. Nesta abordagem, os parâmetros dos modelos não-lineares de crescimento (Logístico, Gompertz e von Bertalanffy) foram estimados conjuntamente com os efeitos de sexo e genótipos do gene halotano. Foram utilizados 344 animais F2(Comercial x Piau) pesados ao nascer, aos 21, 42, 63, 77, 105 e 150 dias. O modelo Logístico foi aquele que apresentou melhor qualidade de ajuste por apresentar menor DIC (Deviance Information Criterion) que os demais. As amostras das distribuições marginais a posteriori para as diferenças entre as estimativas dos parâmetros do modelo Logístico indicaram que o peso dos machos à idade adulta com genótipo heterozigoto (HalNn) foi superior ao dos homozigotos (HalNN). A título de comparação, também foi considerada a abordagem frequentista tradicional, baseada em dois passos distintos, a qual, por apresentar um menor poder de discernimento estatístico, não mostrou diferenças significativas.

A hierarchical Bayesian modeling was used to evaluate the influence of halothane gene and its interaction with sex on pig´s growth curves. Under this approach, the parameters from growth models (Logistic, Gompertz and von Bertalanffy) were estimated jointly with the effects of halothane gene and sex. A total of 344 F2 (Commercial x Piau) animals were weighted at birth, 21, 42, 63, 77, 105 and 150 days in life. The Logistic model has presented the best fit based on DIC (Deviance Information Criterion). Thus, the samples from marginal posterior distributions for the differences between the parameters estimates of Logistic model have indicated that the maturity weight of males with heterozygous genotypes (HalNn) was superior to males with homozygous genotypes (HalNN). In order to realize a comparison with the traditional methodology, the frequentist approach based on two distinct steps also was used, but there was not identified significant differences between growth curve parameter estimates from each group (combinations of halothane genotypes and sex).

Modified starches or stabilizers in preparation of cheese bread / Amidos modificados ou estabilizantes na elaboração de pão de queijo

Cheese bread is a Brazilian product which originated in Minas Gerais and which is highly consumed. In industrial production, there is increasing use of additives which enrich and enhance the physical of this product, adding value in the eyes of the consumer. Thus, the purpose of this paper was to study the effect of addition of modified starch and stabilizers on the physical-chemical of cheese bread. For this reason, measures taken so moisture, pH and acidity, volume, density, coefficient of expansion, and compression resistance (texturometer) Results show that the stabilizers used improve these characteristics in the cheese bread, showing better physicochemical characteristics.

Pão de queijo é um produto brasileiro que se originou em Minas Gerais e que é altamente consumido. Na produção industrial, há uma crescente utilização de aditivos que enriquecem e melhoraram as características físicas do produto, acrescentando valor aos olhos do consumidor. Assim, o objetivo deste trabalho foi estudar o efeito da adição de amido modificado e estabilizadores sobre a qualidade físico-química de pão de queijo. Por esse motivo, foram tomadas medidas para umidade, pH e acidez, volume, densidade, coeficiente de dilatação e resistência à compressão (texturômetro). Os resultados mostram que os estabilizadores usados melhoraram estas características no pão de queijo, mostrando melhores características físico-químicas.

Ochratoxigenic fungi associated with green coffee beans (Coffea arabica L.) in conventional and organic cultivation in Brazil

The genera Aspergillus comprises species that produce mycotoxins such as aflatoxins, ochratoxins and patulin. These are cosmopolitan species, natural contaminants of agricultural products. In coffee grains, the most important Aspergillus species in terms of the risk of presenting mycotoxins belong to the genera Aspergillus Section Circumdati and Section Nigri. The purpose of this study was to assess the occurrence of isolated ochratoxigenic fungi of coffee grains from organic and conventional cultivation from the South of Minas Gerais, Brazil, as well as to evaluate which farming system presents higher contamination risk by ochratoxin A (OTA) produced by fungi. Thirty samples of coffee grains (Coffea arabica L.) were analysed, being 20 of them of conventional coffee grains and 10 of them organic. The microbiological analysis was done with the Direct Plating Technique in a Dichloran Rose Bengal Chloramphenicol Agar (DRBC) media. The identification was done based on the macro and micro morphological characteristics and on the toxigenic potential with the Plug Agar technique. From the 30 samples analysed, 480 filamentous fungi of the genera Aspergillus of the Circumdati and Nigri Sections were isolated. The ochratoxigenic species identified were: Aspergillus auricoumus, A. ochraceus, A. ostianus, A. niger and A. niger Aggregate. The most frequent species which produces ochratoxin A among the isolated ones was A. ochraceus, corresponding to 89.55%. There was no significant difference regarding the presence of ochratoxigenic A. ochreceus between the conventional and organic cultivation systems, which suggests that the contamination risk is similar for both cultivation systems.

Viability of using multidimensional graphics in epidemiological data analysis: case study with respiratory diseases / Viabilidade do uso gráfico multidimensional para análise de dados epidemiológicos: estudo de caso com doenças respiratórias

The statistical methodology to be used in epidemiological data analysis is extremely important for obtaining reliable and plausible results that can be interpreted in the epidemiological context. In order to carry out a case study about the incidence of the main respiratory diseases in some cities with different climatic seasons, the present work aimed at studying the viability for applying the multidimensional graphic technique known as "h-plot" to identify the main variables that resulted in a higher contribution to the data dispersal. In accordance with the results obtained and discussed, we state that the h-plot graphics are viable to be applied as an alternative method as regards to the identification and collection of the variables.

A metodologia estatística a ser utilizada na análise dos dados epidemiológicos é de suma importância para que os resultados obtidos sejam confiáveis e plausíveis de serem interpretados no contexto epidemiológico. Com o propósito de realizar um estudo de caso sobre a incidência das principais doenças respiratórias em algumas cidades com estações climáticas bem diferenciadas, o presente trabalho tem por objetivo estudar a viabilidade da aplicação da técnica gráfica multidimensional conhecida por "h-plot" para identificar principais variáveis que resultaram em maior contribuição na dispersão dos dados. Em consonância com os resultados obtidos e discutidos neste trabalho, recomendou-se que os gráficos h-plots são viáveis de serem aplicados como um método alternativo no que se refere à identificação e agrupamento das variáveis.

Optimization of sweet guava (psidium guajava, l) using the acceptance test, response surface methodology and preference map

This study aimed to evaluate the influence of the independent variablesconcentration of citric acid, concentration of potassium sorbate, andpulp/sugar ratio on consumer acceptance for sweet guava. Theresults were analyzed using statistical methods such as preference map and response surface methodology to determine the influence of the independent variables. Response surface methodology alone proved insufficient to achieve an optimal formulation for thepreparation of sweet guava. Based on preference mapping analysis, consumer preference was observed for treatments using higher concentrations of sugar and citric acid. Parameters of sweetness,appearance and texture influenced consumer preferences.

Identificação de outliers por alocação das observações através do modelo Poisson aplicado ao número de casos de Aids diagnosticados no Brasil / Outliers indentification by allocation of observations through the Poisson model applied to the number of Aids cases diagnosed in Brazil

O método da análise robusta de variância proposto por Bertaccini e Varriale (2006) permite monitorar o efeito de outliers no processo de modelagem estatística. Para isso, utiliza-se a formação de subconjuntos, nos quais as unidades amostrais são alocadas, baseando-se em apenas uma inspeção dos dados. Com o propósito de estender este método para o modelo Poisson, o presente trabalho propõe monitorar o efeito de outliers no número de casos de AIDS diagnosticados no Brasil no período de 2003 a 2006. A metodologia proposta foi viável e é recomendável para dados de contagem, sendo, portanto, uma importante técnica de análise de dados para identificação de outliers em amostras, podendo ser aplicado a outros modelos generalizados com as devidas modificações na obtenção dos resíduos. .

The robust analysis variance method proposed by Bertaccini and Varriale (2006) allows the monitoring of the outliers effect in the statistic modeling process. As for that, the formation of subsets is used, where the sample units are allocated, based only on data inspection. With the purpose of extending this method to the Poisson model, this work intends to monitor the effect of outliers in the number of AIDS cases diagnosed in Brazil, from 2003 to 2006. The methodology proposed was viable and is recommended for counting data, being, therefore, an important data analysis technique used to identify outliers in samples. It can also be applied to other generalized models with appropriate changes in obtaining residuals..

Métodos de estimação de parâmetros em modelo de covariância com erro na covariável / Parameter estimation methods in covariance model with error in covariate

Estudou-se o modelo de análise de covariância com um fator e erro de medida na covariável. Avaliou-se, neste modelo, por meio de simulação, a acurácia e precisão de dois estimadores, propostos na literatura para estimar parâmetros de um modelo de regressão com erro de medida. Sobre diferentes distribuições dos resíduos, coeficientes de determinação e tamanhos amostrais, estudou-se o comportamento de ambos os estimadores. No modelo de análise de covariância, quanto maior o tamanho amostral e o coeficiente de determinação, melhor se comportam os estimadores avaliados com relação à acurácia e à precisão. As conclusões encontradas sugerem que o estimador Plug-in obteve desempenho superior, tanto na acurácia quanto na precisão em situações de normalidade, nas diferentes configurações analisadas sobre o modelo avaliado. Quando os estimadores foram avaliados no modelo de ANCOVA com os resíduos distribuídos pela Gama, obtiveram o pior desempenho em relação a quando eram avaliados pelas demais distribuições.

The present paper approaches the covariance analysis model with one factor and measurement error in the covariate. Accuracy and precision of two estimators suggested in the literature were evaluated through data simulation, for estimating parameters of a regression model with measurement error. So called Plug-in method estimates the real value based on the observed ones and then uses the common function for estimating the desired parameter. The other estimator, known as bias smoother, only performs a bias correction on the usual estimator by computing a factor. Behavior of both estimators was studied under different residual distributions, goodness of fit and sample sizes. It is worth noting that, in covariance analysis model, the high the sample size, the better for accuracy and precision. Results suggest that the Plug-in estimator presented the best performance both for accuracy and precision under normality, for the distinct evaluated situations. When the estimators had been evaluated in the model of ANCOVA with the residues distributed for Gamma, the same ones had gotten the worse performance in relation when they were evaluated by the others distributions.

Comparação de matrizes de covariâncias de populações normais dependentes: um estudo de caso / Comparing the covariance matrices of dependent normal populations: a case study

Inferências sobre comparações de matrizes de covariâncias em populações normais dependentes são usualmente obtidas considerando testes assintóticos baseados na maximização de funções de verossimilhanças. Entretanto, se o número de populações e/ou de variáveis consideradas é excessivo pode-se ter problemas na convergência dos métodos numéricos utilizados para obtenção dos estimadores de máxima verossimilhança. Face a esse problema, objetivou-se, neste trabalho, ilustrar por meio de um conjunto de dados reais, a aplicação de um teste para comparar matrizes de covariâncias de populações correlacionadas, usando uma estatística baseada na razão de variâncias generalizadas, cuja distribuição empírica foi obtida por meio da técnica bootstrap.

Inferences about dependent normal populations are usually obtained considering asymptotic tests based on the maximization likelihood functions. However, if the number of populations and/or variables considered are too high one way have convergence problems with the numerical methods used to obtain the maximum likelihood estimators. This work aimed to illustrate, using a real data set, the application of a test to compare covariance matrices of correlated populations using a statistic based on generalized variances ratio, whose empirical distribution was obtained via bootstrap methods.

Avaliação de métodos de estimação intervalar para funções lineares binomiais via bootstrap infinito / Evaluation of intervalar estimation methods for binomial linear functions through infinity bootstrap

Objetivou-se, neste trabalho, avaliar intervalos de confiança de diferentes funções lineares compostas por proporções binomiais construídas com base no método de Wald e Wald ajustado utilizando a técnica de bootstrap infinito. Considerados diversos tamanhos amostrais (n is), parâmetros (p) e número de coeficientes das funções lineares. Concluiu-se, por meio das probabilidades de cobertura dos intervalos de confiança das populações binomiais, cujas proporções foram baixas (p=0,2) e considerando diferentes tamanhos de amostras, que a generalização bootstrap do método de Wald ajustado foi eficiente para funções lineares cujos coeficientes indicaram a comparação de uma proporção versus as demais.

This work aimed to evaluate confidence intervals of different linear functions of binomial proportions base on Wald and Wald's adjusted method using the infinity bootstrap technique. Several sample sizes (n i), binomial parameters (p) and number of coefficients of the linear functions were considered. One concluded through the probabilities of binomial population confidence covered intervals that the bootstrap generalization of adjusted Wald's method was efficient for linear functions whose coefficients indicated a comparison of versus the others proportion (p=0.2) considering different sample sizes.

Avaliação da alimentação escolar oferecida aos alunos do ensino fundamental das escolas municipais de Lavras, MG / Evaluation of school meals offered to elementary students of municipal schools of Lavras, MG

Objetivou-se no presente estudo avaliar a alimentação escolar (AE) oferecida aos alunos do ensino fundamental (EF) nas unidades escolares municipais (UEM), urbanas (EU) e rurais (ER), de Lavras, MG, de forma gratuita, em função do repasse financeiro do Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE), quanto à composição química e atendimento da meta de fornecer 15% das necessidades nutricionais dos alunos. A coleta de amostras para a análise da composição química foi realizada aleatoriamente, em todas as UEM durante o ano de 2004. A análise da AE apresentou valores diários médios de 189kcal, 7,5g de proteína, 72,9mg de Ca, 16,7mg de Mg, 2,2mg de Fe e 1,4mg de Zn. Para o atendimento da meta de fornecer 15% das necessidades nutricionais, do total de dezesseis escolas estudadas, o teor de energia e cálcio encontrava-se abaixo do recomendado em quinze escolas, sendo que apenas uma do meio urbano atendeu a proporção de energia e uma do meio rural atendeu quanto ao teor de cálcio; para o magnésio só três escolas, duas urbanas e uma rural, atingiram a meta; o oferecimento de proteína e ferro foi atingido por todas as escolas estudadas. Concluí-se que a meta de fornecer 15% das NN na alimentação escolar não foi totalmente atingida, pois a maioria das adequações ficou fora da faixa recomendada pelo PNAE.

The present work had the aim of evaluating school feeding (AE) offered to students of elementary school in the city school (EF) (UEM), both urban (EU) and rural (ER) units of Lavras, MG, in a free form, as related to the financial repassing of the Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE) (National Feeding School Program) as to the chemical composition and attainment of the goal of meeting 15% of the nutrient allowances of these students. The collection of samples for the analysis of chemical composition was accomplished randomly, in all the UEM during the year of 2004. The analysis of the AE presented daily average values of 189kcal, 7.5g of protein, 72.9mg of Ca, 16.7mg of Mg, 2.2mg of Fe and 1.4mg of Zn. For the attendance of the goal to supply to 15% of the nutritional necessities, of the total of sixteen studied schools, the content of energy and calcium met below of the recommended in fifteen schools, being one of the urban school met the ratio of energy and one of the rural school was met as to the calcium content; for magnesium only three schools, two urban school and a rural school, had reached the goal; the goal of supply protein and iron was reached by the schools studied me concluded that the goal to supply 15% of the NN in the school meals was not reached, therefore the majority of the adequacies was outside of the band recommended for the PNAE.

Characterization of cattle slaughtered at the public abattoir in Lavras-MG / Caracterização dos bovinos abatidos no matadouro municipal de Lavras-MG

Com esse trabalho, objetivou-se caracterizar os bovinos abatidos no município de Lavras - MG. No matadouro municipal, foram identificados 720 bovinos, abatidos durante o período de 20 de setembro a 20 de novembro de 2004, observando-se as seguintes variáveis: origem genética, peso vivo, condição corporal, idade e sexo. Após o desembarque os animais foram pesados em balança mecânica e classificados quanto à raça e/ou grupamento genético. Antes do abate, determinou-se a condição corporal (CC), escala de 1 a 9. A condição reprodutiva foi observada durante a esfola e evisceração: macho castrado, MC; macho não castrado, MI; fêmea gestante, FG e fêmea não gestante, FNG. A idade foi determinada por visualização direta da mandíbula, através da contagem dos dentes incisivos permanentes (d.i.p.). Observou-se maior freqüência de machos abatidos no período do estudo, tendo o grupamento genético Girolando, maior freqüência. O peso médio de abate ± desvio padrão, para machos e fêmeas (n=720), foi de 438,5 ± 114,0 Kg. As fêmeas (FG e FNG), apresentaram maiores idades de abate (> 48 meses), comparadas aos machos. As FNG apresentaram menores escores de condição corporal (3,4 e 5). Os machos (MC e MI) apresentaram boa condição corporal no momento do abate. A maioria dos bovinos abatidos em Lavras foi caracterizada como sendo animais de origem genética não especializada, para a produção de carne.

The objective was to characterize cattle slaughtered from the region of Lavras - MG. In the public abattoir 720 bovines were identified and slaughtered from September 20th through November 20th of 2004. Variables such as: genetic origin, live weight, body condition, age, and sex were studied. At arrival, animals were weighed and classified according to their genetic origin. Before slaughter, their body condition (BC) was determined on a 1 - 9 scale. Reproductive status was observed during scratch and evisceration: castrated male, MC; intact male, MI; pregnant female, FG; and Non-pregnant female, FNG. Age was determined by the count of the permanent incisive teeth (p.i.t.). Most animals slaughtered during the survey were male, with predominance of the Girolando genetic group. Overall mean slaughter weight was 438.5 ± 115.97 Kg (n=720). Females (FG and FNG) were older (>48 months old) as compared to male animals, FNG had lower body condition scores (3, 4 and 5). Male (MC and MI), had good body condition scores. Most of slaughtered cattle in Lavras were characterized as non-specialized for beef production.